פעולת המזגן, כאשר היא מתבצעת ברציפות או על פי תזמון מוקדם, מותרת בשבת. עם זאת, בעקבות שיפורים וחידושים טכנולוגיים שנוספו לדגמים החדשים עלו מספר ספקות וחששות בדבר השפעת המשתמשים על עוצמת פעילות המנוע וויסות הטמפרטורה. עמדת מכון צומת היא כי אין צורך באישור פרטני לשימוש במזגנים בשבת.